Promover acciones para la conservación y la consolidación de las Áreas Silvestres Protegidas públicas y privadas, la protección y restauración de los ecosistemas naturales, el manejo sostenible de los recursos hídricos, la zonificación socioambiental territorial y los mapeos territoriales participativos con comunidades. Fomenta el desarrollo de capacidades para la generación/fortalecimiento/empoderamiento de nuevos liderazgos de las comunidades para la gestión sostenible de los ecosistemas y los bienes comunes de la naturaleza, con la participación activa de los diferentes actores y protagonismo de hombres, mujeres y jóvenes. Asimismo, impulsa la investigación participativa con las comunidades vulnerables ante el cambio climático y las inequidades existentes, priorizando los criterios de sostenibilidad y resiliencia. Para cumplir con los objetivos, coordina con instituciones públicas, privadas, nacionales e internacionales, estableciendo alianzas con organizaciones campesinas e indígenas para una mejor gobernanza ambiental y desarrollo.
En el Programa Biodiversidad se han realizado investigaciones sobre temas relacionados a medio ambiente, a comunidades indígenas y desarrollo territorial, con la colaboración de estudiantes pasantes y tesistas de grado y postgrado de universidades nacionales y extranjeras.
Las investigaciones realizadas han sido:
